Au début de la Révolution, Fleuriot-Lescot participe à la vie des clubs Révolutionnaires et des sections Parisiennes. Il s’inscrit rapidement au club des Jacobins et se rapproche de son aile gauche. Il est présenté par un ami commun à Maximilien Robespierre qui le fait élire substitut de l’accusateur public Fouquier-Tinville au Tribunal Révolutionnaire le 13 mars 1793. Il y montre une volonté de Justice qui contraste nettement avec le cynisme de Fouquier. Après une année passée au Tribunal, Fleuriot-Lescot est élu maire de Paris en remplacement de Pache le 10 mai 1794. Il s’entoure de robepierristes mais ne tombe pas, comme d’autres, dans le fanatisme aveugle.